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故事发生在明朝时期，李时珍（赵丹 饰）因其高明的医术和高洁的品格而获得了百姓们的爱戴和认可。楚王邀请李时珍进宫给王子治病，令宫廷御医们手足无措的古怪病症在李时珍的手下化为乌有。李时珍获得了进入太医院深造的机会，可是他提出的唯一要求，就是请求楚王重修本草。
李时珍无法忍受太医院里同僚们迂腐的作风，知道自己如果一直待在这里将永远无法实现心愿，于是他辞了官返回故里，决定依靠自己的双手修正本草。乡亲们得知了李时珍的志向，纷纷向其伸出了援手，李时珍以一己之身亲自验证了数百种草药的功效，《本草书》渐渐完善了起来。
